税务代理的一般程序按其性质大体可分为三个阶段：即准备阶段、实施阶段、代理完成阶段。
准备阶段是纳税人、扣缴义务人向税务代理机构提出税务代理时，税务代理机构要对要求代理方的有关情况进行调查，在此基础上确定是否接受该项代理业务。双方在充分协商取得一致意见后，签定委托代理协议书，约定代理内容、代理权限和代理期限。税务代理机构在受理某项代理业务后，应确定税务代理风险，编制税务代理计划、安排实施代理工作。
实施阶段是税务代理全过程的中心环节，其工作是按照代理计划，根据委托代理协议书约定的代理事项、权限、期限开展工作。
代理完成阶段是实质性的代理业务结束，此阶段的工作主要是整理代理业务工作底稿，编制有关表格，并将有关资料存档备查。
税务代理的相关法律关系主要是指纳税人，扣缴义务人委托代理记账税务师办理纳税事宜，从而产生一定的委托方以及受托方之间所存在的权利、义务以及责任关系。
代理记账税务师根据委托方的名义进行相关的代理工作，在相应的代理过程中所产生的法律后果都应当直接归属委托方，税务代理的相关法律关系的确定主要是根据委托代理协议书的签订作为标志的。
税务代理的法律责任一般被分为委托方的法律责任以及受委托方的法律责任。
委托方的主要法律责任是纳税人除了应当根据规定来承担本身应当承担的税收法律责任以外，，还应当依照规定向受委托方支付一定金额的违约金以及赔偿金。
受委托方的相关法律责任，代理人不履行职责而且还给被代理人带来损害的应当及时承担相应的民事责任。税务代理如果因为工作的失误或者没有按时完成税务代理事务等未能履行税务代理职责，给委托方造成了不必要的损失，这些都应当由受委托方来负责。代理人知道被委托代理的事项违法，仍进行代理活动的，以及被代理人知道代理人的代理行为违法的话，并没有表示反对的话，由被代理人以及代理人负连带责任，根据相关的固定，注册税务师以及被代理人如果存在相互勾结、偷税抗税、共同违法，应当根据共同违法论处，双方都应当承担法律责任，如果涉及刑事犯罪的话，还要移送相关的司法部门进行依法处理。
税务代办指代理人接受纳税主体的委托，在法定的代理范围内依法代其办理相关税务事宜的行为。 税务代理人在其权限内，以纳税人(含扣缴义务人)的名义代为办理纳税申报，申办、变更、注销税务登记证，申请减免税，设置保管账簿凭证，进行税务行政复议和诉讼等纳税事项的服务活动。
可以说，企业若想使申请一般纳税人认定相关操作顺利完成，就必须对所需准备的申请材料进行详细把握，这样才能够做好相关准备工作。此外，除一般纳税人认定申请材料外，企业还需对一般纳税人认定流程作具体了解。通常情况下，其程序为：
1、提交申请。企业申请办理一般纳税人认定，必须向税务机关出具书面申请报告。申请报告应着重说明申请认定一般纳税人的具体理由，以及履行一般纳税人的义务能力。
2、查验资料。由工商部门对企业提供的材料进行审核，验证其是否齐全、有效，并根据政策要求进行实地查验，达到一般纳税人规定标准的，同意进入辅导期（临时）一般纳税人。
3、税务认定。待一般纳税人辅导期满后，通过税务部门相关认定，企业正式成为一般纳税人。通常情况下，除国家税务总局另有规定外，纳税人一经认定为一般纳税人后，不得转为小规模纳税人。