首先，存放木托盘的厂房要应保持干净卫生，而且要随时注意通风，这样有利于木托盘存放在干燥的环境下，防止腐烂。
其次，易燃品、易爆品或违禁品严禁带入仓库，在仓库的外侧要有明确的标志，而且还要有专门的人员进行检查。这尤其需要注意，因为木托盘是木材原料，而且干燥，记忆点燃导致火灾发生。造成大量的财产损失和人员伤亡。
根据木托盘 装在货物以后是否要堆垛来选择单面木托盘还是双面木托盘。
单面木托盘由于只是一个承载面，不适合用于堆垛，否则容易造成下层货物的损坏。装载货物后需要堆垛的要尽选择双面木托盘。
热处理的木托盘用于在高温下的热处理室内杀死昆虫，木材的核心温度需要至少达到70摄氏度，并持续15小时。..代码是HT。因此，现在常见的是在木托盘上看到包含HT徽标的IPPC标志，它代表了经过热处理的木托盘。
木托盘包装箱处理方法主要是热处理。木材的中 心温度应达到56℃，并保持至少30分钟。木材应在封闭的地方用熏蒸至少16小时。然后在防盗和通风的地方降低熏蒸剂的浓度。