纳税人、扣缴义务人可以直接到税务机关办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表，也可以按照规定采取邮寄、数据电文或者其他方式办理上述申报、报送事项。税务机关应当建立、健全纳税人自行申报纳税制度。经税务机关批准，纳税人、扣缴义务人可以采取邮寄、数据电文方式办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表。
下发《审计通知书》。根据上述的计划与安排，填写《税务审计通知书》，至少提前三天，将所要进行审计的内容、具体时间、地点、审计人员所需审计的有关纳税资料和要求纳税人配合事项等通知纳税人。
现场实施阶段。对纳税人单位的税务状况及各类税务报表等材料进行具体审查，对期间发现的问题进行详细记录。
顺查法是指按照会计核算程序，从审查原始凭证开始，顺次审查账簿，核对报表，后审查纳税情况的审查方法。适用于审查经济业务量较少的纳税人、扣缴义务人。
逆查法是以会计核算的相反顺序，从分析审查会计报表开始，对于有疑点的地方再进一步审查账簿和凭证。适用于税务师对纳税人、扣缴义务人的税务状况较为了解的情况。
根据审查的内容、范围不同，纳税审查的方法可分为详查法和抽查法。
1. 详查法是对纳税人、扣缴义务人在审查期内的所有会计凭证、账簿、报表进行、系统、详细的审查的一种方法。
适用于审查经济业务量较少的纳税人与扣缴义务人。
2. 抽查法是对纳税人、扣缴义务人的会计凭证、账簿、报表有选择性地抽取一部分进行审查。
适用于对经济业务量较大的纳税人与扣缴义务人的审查。