有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
实际执行中很多代理记账业务操作不规范、内部管理制度不健全现象十分普遍，部分代理记账机构的内部管理制度即使制定也是形同虚设。
委托代理记账的委托人应当履行下列义务：
（1）对本单位发生的经济业务事项，应当填制或者取得符合国家统一的会计制度规定的原始凭证；
（2）应当配备专人负责日常货币收支和保管；
（3）及时向代理记账机构提供真实、完整的原始凭证和其他相关资料；
（4）对于代理记账机构退回的要求按照国家统一的会计制度规定进行更正、补充的原始凭证，应当及时予以更正、补充。
代理记账机构及其从业人员的义务：
（1）按照委托合同办理代理记账业务，遵守有关法律、行政法规和国家统一的会计制度的规定；
（2）对在执行业务中知悉的商业秘密应当保密；
（3）对委托人示意其作出不当的会计处理，提供不实的会计资料，以及其他不符合法律、行政法规和国家统一的会计制度规定的要求，应当拒绝；
（4）对委托人提出的有关会计处理原则问题应当予以解释。