财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
会计核算方面尚存在许多不规范之处，一些会计核算未能以权责发生制为基础，对所代理公司未按《公司法》计提法定公积金、法定公益金的现象也较普遍，代理编制的年度财务会计报告都只有基本会计报表，均未按制度规定的要求提供会计报表附注的内容等。
在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过低价进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
业务范围
1、代理各个税种的纳税申报，代理企业纳税情况自查及清算各种税款业务;
2、代理企业整体税务安排、投资项目税收评估，代理制作涉税文书。
3、建立企业纳税核算体系用办税制度，为企业设计财务制度。
4、协助企业进行股份制改及企业间兼并、收购工作，代理设计经营管理制度。
5、为企业提供报表分析，提供其他管理建议。
6、委托人要求的其他常年代理业务。
有百分之九十八的代理记账机构会提供整理原始凭证、编制会计凭证、登记账册、编制会计报表、纳税申报五项基本服务。