很多人误认为，制作和邮寄申请书件就是商标代理机构工作的全部。其实，这仅仅是商标注册流程和商标代理工作的起始点。商标注册流程复杂而且周期长，在整个注册申请期间，商标代理机构会及时通知申请人商标注册进展。如果申请人的商标初审公告后遭到异议，代理组织还会帮助申请人搜集充分的证据，进行有力的答辩。注册成功后，代理机构会将《商标注册证》及时、地交给申请人。当然，对于商标到期需要续展或申请人名义、地址变更等问题，有了代理机构的及时提醒和协助办理，更会令申请人高枕无忧。
国家商标局鼓励企业或个人委托代理公司申请注册商标。申请人直接向商标局申请商标注册，一件商标申请下来，至少要到商标局两到三次（提交申请一次，领取注册证一次，如果要事先查询或发生补证，次数更多），并需要携带公章、介绍信、身份证、营业执照副本等许多手续，还要自己填写申请表格、打字、交费等，除交纳申请费等规费外，还要付出交通、住宿、差旅等大量费用，而且因为商标注册时间需要两三年时间，申请人往往因地址的变动收不商标局的寄出的各种书件，给商标注册和领取商标注册证带来很多麻烦。 更关键的因为不懂得商标专业知识，填写的申请经常被退回或不予受理，且因不懂商标评审规则，把不能注册的商标拿去申请（据相关信息统计，申请人直接向商标局申请注册的商标，驳回率高达 40% ），委托商标代理公司，只需要交付代理费，既省时又省力，可得到耐心细致的专业咨询服务，降低注册的风险。
商标注册，是指商标使用人将其使用的商标依照法律规定的条件和程序，向国家商标主管机关（国家知识产权局商标局）提出注册申请，经国家商标主管机关依法审查，准予注册登记的法律事实。在中国，商标注册是商标得到法律保护的前提，是确定商标专用权的法律依据。商标使用人一旦获准商标注册，就标志着它获得了该商标的专用权，并受到法律的保护。
商标就好比是战争中的盾牌，谁掌握商标拥有商标的专用权谁就是这个“盾牌”的主人，注册商标，享有专用权，不但可以保护自己的商标权益不受侵害，在必要的时候可以反弹伤害给入侵的“敌军”。
商标注册人拥有商标专用权，受法律保护，别人不敢仿冒，否则就可以告其侵权，获得经济赔偿。相反，若被他人抢先注册，则必然失去自己精心策划苦心经营的市场，自己反而可能成为侵权被告。