保证贷款合同纠纷应当按照《担保法》及相关法律法规、司法解释处理。
(1)关于主体问题。保证贷款合同签订时应当特别注意保证人的资格问题，担保法第7条、第8条、第9条、第10条专门规定了哪些人可以作保证人，哪些人不可以作保证人。一般而言，具有社会公益性质的主体及不能独立承担民事责任的主体不得担任保证人。
(2)保证合同的签订。签订保证合同在实践中大致有下列方式：保证人与贷款人专门签订书面保证合同；保证人在借贷合同上签字或盖章表示愿意承担保证责任；保证人单独向贷款人出具书面的保证书。
(3)保证人的责任。保证可以分为一般保证和连带责任保证。
保证期间是除斥期间。所谓除斥期间是指法律预定的某种权利存续的期间，当期间届满时该权利消灭。除斥期间为不变期间，不因任何事由而中止、中断和延长，保证期间是债权人要求保证人承担保证责任的权利存续期间，因而，担保法所规定的保证期间属于除斥期间。由于保证责任不同于一般民事责任，保证人实际上是为他人承担责任，因此法律有必要设立不变期间加以限制，防止保证人无限期承担保证责任。在保证期间届满时，债权人没有及时行使权利，则要求保证人承担保证责任的实体权利归于消灭，保证人免除保证责任。
约定保证期间超过诉讼时效期间问题。目前法律并未限制保证期间的结束点，如果约定的保证期间长于诉讼时效期间，因债权人已对债务人失去胜诉权，再要求保证人承担保证责任，有悖于法理，但保证人的保证行为已经成立，不能因此完全免责，应当以约定不明处理。
约定保证期间为保证人承担保证责任直至贷款债务本息还清时为止等类似内容的问题。这种约定的意思是清楚的，但没有明确的保证期间，这与设立保证期间的立法意图相悖，因此应认为无效，视为约定不明，保证期间为贷款债务履行期间届满之日起两年。