根据相关法律规定，农民工工资保证金确实可以使用金融机构出具的保函来替代。《保障农民工工资支付条例》第三十二条明确指出，“工资保证金可以用金融机构保函替代”，这意味着除了传统的现金缴存方式外，还可以通过保函的方式来满足这一制度的要求。
保函的有效期通常从开立之日起到工程合同预计竣工日期延长3个月为止。如果工程未按时完工，申请人在保函到期前需要办理延期手续。当工程项目出现拖欠农民工工资的情况时，由人社部门和行业主管部门共同出具书面通知，启动保函赔付程序。金融机构需要在收到通知后的3个工作日内划拨资金至指定的账户，用于支付拖欠的工资。
银行保函开具条件有：
1、申请人需填写开立保函申请书并签章；
2、提交保函的背景资料，包括合同、有关部门的批准文件等；
3、提供相关的保函格式并加盖公章；
4、提供企业近期财务报表和其它有关证明文件。
见索即付保函是担保人凭在保函有效期内提交的符合保函条件的要求书（通常是书面形式）及保函规定的任何其他单据支付某一规定的或某一限额的付款承诺。该定义的含义比《见索即付保函统一规则》第2条（a）款的定义要略微广一些，该款定于应第三方要求而出具（相对于保函出具人为自己出具）的规定凭书面要求及其他规定单据付款的书面保函。