履约保证金的结算包括返还、抵扣或没收等问题。一般来说，履约保证金在中标人履行合同后应予返还，但实践中，招标人与中标人通常会约定根据工程进展程度分阶段返还或在工程竣工后一次性返还，有的还规定以抵扣或没收履约保证金作为承担违约责任的方式之一。笔者认为，合同和法律没有规定的，不得抵扣或没收。对于抵扣或没收情形应限制在施工单位在施工工期、质量或者等违反合同约定应承担违约责任等范围内。在当事人既约定了履约保证金又约定违约责任条款的情况下，依照合同法百一十六条规定：“当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，双方可以选择适用违约金或者定金条款。”以及百零七条的规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”履约保证金作为中标人承担违约责任的担保，如果中标人没有及时承担违约责任，履约保证金可作为招标人损失的弥补；如果中标人承担了相关责任，则招标人应在合同责任解除后退还全部的履约保证金。
履约保函办理程序
·申请人向银行申请开立保函并提供有关资料；
·银行进行调查、审查；
·签定协议，落实保证金或反担保；
·开立履约保函。
适用范围非常广泛，可用于任何项目中对当事人履行合同义务提供担保的情况，常见用于工程承包、物资采购等项目。
在工程承包、物资采购等项目中，业主或买方为避免承包方或供货方不履行合同义务而给自身造成损失，通常都要求承包方或供货方缴纳履约保证金，以制约对方行为。履约保函是现金保证金的一种良好的替代形式。
履约保函的优点
对承包方或供货方：
减少由于缴纳现金保证金引起的长时间资金占压，获得资金收益；
与缴纳现金保证金相比，可以使有限的资金得到优化配置；
权益得到更好地维护。
对业主或买方：
合理制约承包人、供货方行为，良好维护自身利益；
避免收取、退回保证金程序的繁琐，提高工作效率。
履约保函（Performance Guarantee）
履约保函：是银行应申请人的要求，向收益人开立的保证申请人履约某项合同项下义务的书面保证文件。