履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
资金来源不同。履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。
预付款保函（advance payment guarantee）承包人要求银行向业主(发包人) 出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。投标人在中标后签订的合同中规定，承包人委托银行向业主出具的由业主按合同规定向承包人支付一笔工程预付款，及时用于实施项目的保证函件（即A委托B向C作出担保，担保内容是C按合同约定向A支付的预付款确实在用于项目的实施）。担保银行应为业主所接受。如承包人不履约，业主可凭保函向担保银行索赔。
进口商付款保证书也称“进口商付款责任保证书”，银行向出口商保证在按约交货后，向进口商付款并由担保银行付款的信用文件。它是在进出口商订妥合同后，由进口商委托银行开给出口商的保证书。
有两种格式： ①繁式保证书。在保证书中重申买卖合同的许多条款，并详细列明货物名称、规格、数量、单据的种类和份数及交货期限等，还规定单据必须经开证银行承转和限制限额; ②简式保证书。它只列买卖合同的号码和金额，并笼统地列明在进口商担保何时付款。简式保证书只适用很小金额的交易。进口商付款保证书的付款方式可以即期、远期，也可以部分预付、部分即付或远期付款，再有一部分在设备安装完毕运转正常投产后支付。目前进口商付款保证书都用于成套设备的进口，一般货物的进口用信用证方式。