第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
化粪池清理方法是先用吸粪车吸出表层液体，再用高压水冲洗，待气味发散一会儿后，才能下人清理淤积物，化粪池长期不清理，其中积存的沼气让化粪池变成了一个隐形“炸弹”。
人工清理要先用铁钩打开化粪池的盖板，然后搅散化粪池内杂物结块层，进行人工清掏。设备清理准备与化粪池容积相同的吸粪车，将吸粪管放到化粪池的内部然后启动开关，内部的化粪结块基本上完全被吸完，然后使用水管清洗化粪池内部，排出多余的污水，再清洗化粪池的设备以及工具，盖好盖板，井内无积物浮在上面保持出入口畅通，污水不会溢出地面，清理化粪池的工作就完成了
化粪池清理注意事项：
1.进入化粪池的人须戴防毒面具和防毒服，以及安荃带。安荃带上应绑一根能承受100公斤以上重量的绳子，绳子的另一端应绑在露出化粪池的梯子上。 2.化粪池上须有两三个人随时注意化粪池的情况。如果以下情况不对，请拉上清理化粪池的工作人员。 3.化粪池一般有三个井盖，每个井盖有两个小洞。我们须每半小时或一小时打开每个井盖上的小洞。 4.用钩子打开井盖，用消防水冲洗每个井口约半小时。这可以减少化粪池中的沼气。 5.将长度约5米的竹竿插入化粪池，获得化粪池污垢和污水的深度。 6.如果化粪池的深度超过1.5米，我们须将竹梯或其他比化粪池深1米的梯子放入化粪池。