当前过滤方式主要有：物理过滤、生物过滤、化学过滤等，只要插上电源就会不停的工作。
过滤器必须有2种或以上的过滤方式即：物理过滤、生物过滤、化学过滤
物理过滤：它是利用机械办法将水中较大的颗粒隔出掉。如剩余的饲料颗粒、死亡鱼只的尸骨、鱼体的排泄物、分泌物、呕吐物、体表粘液等，一般多使用海绵、喷胶棉、细网目的尼龙网、棕榈叶纤维等。通常是设置在过滤系统的初始端，便于清洗。
生物过滤： 培养有益菌菌，通过分解有害元素，如：氨盐、亚硝酸盐、硝酸盐、磷酸盐等等。常用的滤料有：生化球、陶瓷环、玻璃环、珊瑚砂等等（主要的过滤方式，维持生态系统）
化学过滤： 它是利用化学制剂除去水的杂质的办法，所使用的制剂有水质安定剂、絮凝剂、除藻剂、蛋白质分解剂、除臭剂等等。
吸附过滤：它是木材、煤炭、果壳、动物骨等含碳量的物质能吸附海水中的蛋白质、微量元素、脱色、除异味，连臭氧的分子也能被它吸收。鱼儿的尿液，水中的微藻以及也都能被它吸附掉
因为硝化必须生活有流动的水的滤棉、玻璃环或底砂里，所以过滤器应该24小时开。